Проверь опоры двигателя — на X-Trail 2012 они часто сдаются к пробегу 100-150 тысяч, и с включенным кондеем нагрузка усиливает вибрацию, а компрессор тут обычно ни при чём.
Проверь чистоту радиатора кондиционера и вентилятор охлаждения — на Х-Трейлах часто забивается грязью между радиаторами из-за чего растет давление в системе и мотору тяжело держать обороты, но для начала сними разъем с компрессора и покрути муфту рукой, нет ли люфта.
На Х-Трейле 2.0 это частая история: вибрация на холостых с включенным кондиционером почти всегда от грязного дросселя. Сначала чисти дроссельную заслонку и адаптируй холостой ход — в 90% случаев помогает. Если не ушло — смотри подушки двигателя: на пробеге за 100 тыс. они часто проседают, и мотор вибрирует сильнее с нагрузкой от компрессора.