Скорее всего, проблема в катушках зажигания — на 1.0 TSI они слабое место и при нагрузке от кондиционера дают пропуски, проверь их и свечи, особенно на втором цилиндре.
На холодную мотор работает ровно, на прогретом и при нагрузке от компрессора кондея появляются пропуски — это типичная история для TSI. В первую очередь смотри свечи и катушки, особенно на втором и третьем цилиндре: на 50 тысячах родные электроды уже подгорают, и при росте тока на компрессоре искра слабеет. Сам проверяешь так: отключаешь фишки катушек по одной на горячем моторе — если на какой-то цилиндр реакция почти пропадает, меняй ее вместе со свечой.
Скорее всего, проблема в загрязненном дросселе или форсунках — на 50 тыс. км это частая история у 1.0 TSI, особенно если ласточка в основном по городу. Я на своем Берлинго сталкивался с похожим: после чистки дроссельной заслонки и адаптации холостые перестали плавать. Можешь сам проверить — сними патрубок воздушного фильтра, посмотри на заслонку: если черный нагар есть, купи очиститель карбюратора и аккуратно протри.