Смотри вентиляторы — у них на 2AZ-FE часто контакты подгорают или реле клинит, раз включаются через раз. Термостат тоже проверь, если он подклинивает, в пробке будет греться, а на трассе норм — это частая история. Помпу обычно гул или течь выдают, но если антифриз чистый и без подтеков, вряд ли она.
Смотри, на 2AZ-FE в пробках классика — или вентиляторы через раз из-за реле/колодки (прозвони предохранители и контакты), или помпа подклинивает на малых оборотах (при трассе потоком прогоняет, а в пробке нет). У меня на Кроссе кондей в пробке накрывался — грешу на то что муфта компрессора подклинивает, а у тебя может быть похожая фигня с помпой или реле вентиляторов.
Похоже на умирающую помпу — на малых оборотах она уже не качает как надо, отсюда и перегрев в пробках. Термостат обычно клинит в закрытом положении но у тебя по трассе все ок, так что он скорее жив. Присмотрись к вентиляторам, раз они через раз работают — возможно реле или концевик кондея подглючивает, я с таким на Королле мучился, пока кондей в пробке не сдох )