Крыльчатка и зазоры тут ни при чем — скорее всего, дело в карбюраторе или системе зажигания. На твоем 408-м это классика: или карбюратор переливает (поплавок, игла) или угол опережения зажигания поздний — в пробках на малых оборотах это даёт перегрев. Термостат зря снял, на лето можно оставить, но без него штатный вентилятор может не включаться вовремя. Проверь еще включается ли сам вентилятор при нагреве — если стоит поздняя крыльчатка, она неэффективна в пробке.
Зазоры клапанов тут ни при чем. Смотри крыльчатку вентилятора: на старых моторах она могла быть с изменяемым шагом — если муфта или пластины сгнили, на малых оборотах толку не будет. Еще проверь, нижний патрубок радиатора холодный при перегреве — если да, то или помпа воздушит, или радиатор забит не промывкой, а накипью изнутри.
Если крыльчатка стоит от другой модели, может не хватать потока на малых оборотах — проверь число лопастей и угол атаки, у Москвича своя геометрия.