Скорее всего, проблема в вентиляторе радиатора кондиционера. На холостых он должен крутиться постоянно при включенном кондее, иначе с конденсора не сдувается тепло — фреон перегревается, растёт давление и система отключает компрессор по аварийному датчику. Проверь сначала реле и проводку на вентилятор, а потом муфту компрессора — у меня на другом авто похожая история была, реле под замену пошло.
скорее всего проблема не в реле, а в том, что вентилятор радиатора не включается на малых оборотах в пробке. На Pilot это частая болячка: если на ходу обдув есть за счет набегающего воздуха, то в пробке без вентилятора кондер начинает травить тепло. Смотри в первую очередь предохранители и резистор вентилятора, компрессор тут ни при чем. У меня на F-150 похожая история была, пока резистор не перепаял — в пробке стоял как в бане.
Столкнулся с таким же на своем Стингере, причина была в датчике давления хладагента. На Pilot 2008 часто глючит именно он: на холостых падает давление в системе, и мозг недопонимает, что надо включать муфту компрессора. Проверь релюху вентилятора радиатора и контакты на датчике давления на магистрали высокого — окислы дают такой эффект. Компрессор живой, судя по работе в движении.