Радиатор мог забиться грязью за годы, особенно при пробках — проверь его внешнюю часть, а не только антифриз на месте. С помпой обычно шум или течь, а здесь скорее охлаждение не справляется с нагрузкой из-за загрязнений. У меня на элантре была похожая тема — воткнул интеркулер и радиатор, и перегрев ушел.
Глянь термостат — на дизелях 3.0 часто клинит в закрытом положении, антифриз стоит, а вентилятор гоняет зря. Если по трассе летит и температура в норме, а в пробке лезет — это к нему. Сам такое лечил, поменял на 107 тысячах — проблема ушла.
Сделай диагностику муфты вентилятора и радиатора кондиционера — на дизеле 3.0 часто забивается пространство между ними. Проверь нижний патрубок на термостат: если холодный при перегреве, помпа ни при чем, меняй термостат. На пробеге под 100к тоже сталкивался, проблема была в воздушных пробках после долива антифриза — сбрось воздух через клапан на расширительном бачке.