Первым делом проверь реле вентилятора — на Pajero Sport это частая болячка, контакты подгорают или просто залипают. Если реле щелкает, но вентилятор молчит, смотри датчик включения на радиаторе: он мог окислиться или потерять контакт после перегрева. У меня на дальних поездках с кондиционером подобного не было, но в пробках на холостых я бы сразу прозвонил цепи вентилятора — часто проблема именно в проводке от датчика до вентилятора.
Скорее всего, реле вентилятора сдохло или сам моторчик заклинил. Проверь напряжение на разъеме вентилятора при включенном кондиционере, а если тока нет — мультиметром прозвони цепь от реле и датчика включения.
Сначала проверь реле вентилятора — на Pajero Sport это частая проблема, или прозвони датчик включения вентилятора на радиаторе, у меня на Samara подобное лечилось заменой реле.