Проверь радиатор кондиционера — он часто забивается грязью перед основным радиатором, и если он мытый, а проблема осталась, снимай оба радиатора и промывай отдельно. Еще была у меня ситуация: помпа визуально крутилась нормально, но из-за коррозии проскальзывала на холодном двигателе, только под замену поехал — после замены перегрев ушел.
Проверь муфту вентилятора — могла потерять вязкость и не крутить на полную в пробке. На Транзитах это частая беда: в движении дует набегающий поток и норм, а в заторе начинается перегрев.
Проверь крыльчатку водяного насоса — на дизельных транзитах она часто разваливается или прокручивается на валу, из-за чего пропадает циркуляция на малых оборотах. После этого глянь канал радиатора и соты на предмет забивки пухом и грязью, даже если мыл снаружи — между конденсором кондиционера и радиатором может быть слой грязи, который не вымыть без разбора. Если лошадки на холостых начинают плавать и греться, а на ходу все ок — дело в вентиляторе муфты она может подклинивать и работать не полностью. У себя на Рио была похожая фигня после замены антифриза только там воздух вышел, а на транзитах бывает, что помпа на 2.4 пластиковая и лопасти срезает.
проверь крыльчатку водяного насоса: на дизелях 2.4 иногда лопасти от времени разрушаются, и помпа не гонит антифриз, хотя внешне целая — такое сам недавно на ласточке ловил. Радиатор печки тут ни при чем, если печка греет и антифриз не уходит, смотри систему охлаждения на малых оборотах.