Смотри уплотнитель жгута проводки в арке передней двери — на С-Кроссере он часто фонит, вода течёт по проводам прямо в ноги, дренажи тут ни при чем. У меня на прошлом железе такая же беда была, лечится герметиком по кругу.
Судя по тому, что дренажи кондея чистые, а вода именно под водительским сиденьем — это почти всегда виновник в районе крепления рулевой колонки или жгута проводов в моторном щите. На С-Кроссере там заводской заглушкой прикрыт лючок она изнашивается, и через неё затекает после крупного дождя. Загляни под торпеду слева зачисти и промажь герметиком, у меня на Атласе похожая история была, только через уплотнитель троса капота соплями текло. А еще проверь внутренности уплотнителя на нижней кромке двери, часто вода сбегает прямо в порог и потом в салон через вентиляционные клапаны.
На Волге после дождей та же беда — вода лезет через вентиляционные каналы в дверях и под передней панелью. Смотри на С-Кроссере: сними пластик порога и проверь заглушки в полу, они часто трескаются, плюс забитый дренаж люка (если есть) и место под рамкой лобового — там уплотнитель отходит. Прочисти все, а для верности пролей водой и смотри, откуда течёт из-под торпедо.