На форумах у 3.5 EcoBoost это часто конденсат в масле или влага в клапанной крышке — проверь вентиляцию картерных газов (PCV), а если после прогрева стабильно то глянь форсунки на холодную, они любят подтекать на этих моторах.
Если свечи и катушки не помогли, смотри в сторону влаги в топливной системе — на морозе конденсат в баке дает ровно такую картину. Первым делом залей нормальную зимнюю солярку-бензин и добавь осушитель, потом проверь форсунки на предмет подсоса воздуха через уплотнители, у EcoBoost это частая болячка после 100 тысяч. Еще вариант — клапан PCV задубел на морозе, но он обычно начинает свистеть, а тут троит именно из-за обедненной смеси.
У нас на C3 похожая тема была из-за форсунок — на EcoBoost это частая беда: на холодную одна льет, пока не прогреется отсюда и троение. Свечи и катушки тут ни при чем, раз менял — смотри лучше клапан PCV или датчик температуры ОЖ: если он врет, мозг неправильно готовит смесь, так что сначала считай ошибки и глянь живые данные по охлаждайке. Если по форсункам — лечится промывкой ультразвуком, но это уже если простое не поможет.