По симптомам похоже на подсос воздуха через прокладку впускного коллектора или уплотнители форсунок — у Honda Fit 1.3 это частая болячка на горячую. Проверь дымогенератором, на холодную может не проявляться.
Чистка дроссельной заслонки часто не решает проблему, если не сбрасывать адаптации ЭБУ — на Honda Fit после чистки нужна процедура обучения холостого хода сканером или вручную (прогрев, сброс клеммы, запуск без нагрузки). Также проверь клапан EGR и подсос воздуха через прокладку впускного коллектора — на этих моторах она часто дубеет и травит.
На Honda Fit L13A первым делом проверь клапан EGR и каналы дросселя — они забиваются нагаром от масла из вентиляции картера, чистка дросселя это не вымывает. Если это не помогло, смотри датчик MAP и подсос воздуха через прокладку впускного коллектора, на этом моторе часто трескается.