Скорее всего, это синхронизаторы — на второй и третьей они часто страдают на Транзитах этого года, особенно если масло заливали не по допуску или была езда с маслом от замены до замены. Сцепление обычно дает о себе знать рывками или пробуксовкой, а не хрустом, так что проверь сначала состояние механизма переключения и датчик на коробке. Я как-то на пробеге под 150 тысяч думал на сцепление, а в итоге пришлось снимать коробку — там синхроны выкрошились, плюс забита масляная магистраль.
Скорее всего, синхронизаторы второй и третьей. На Транзитах это слабое место, особенно на дизелях с их тягой — при резком газе синхроны убивает быстро. Сцепление обычно дает о себе знать не хрустом а рывками или тем, что не включается вообще. Проверь, не гудит ли коробка на нейтрали — если шум есть, готовься к разборке. У меня на Кроуне похожая фигня была, но там механика живучая, а вот на этих фургонах синхронизаторы вылетают раньше масла.
Скорее всего, синхронизаторы на второй и третьей — это да, их болезнь на Транзитах, но для начала проверь, нет ли люфта в тросиках кулисы, а по сцеплению — смотри, не плавает ли педаль и нет ли запаха гари в пробках )