На Фаэтоне 3.2 в пробках часто страдает муфта вентилятора — на малых оборотах она может проскальзывать, из-за чего охлаждение слабеет. Проверь заодно радиатор кондея: если он забит грязью или пухом, то кондиционер перестает холодить при остановках, так как конденсатор не обдувается. Я на своей ГАЗ-21 как раз столкнулся с похожим, когда ставил новый кондиционер — пришлось чистить оба радиатора и менять вентилятор на электрику с термореле.
скорее всего, радиатор кондея забился грязью, из-за этого вентилятор не справляется — проверь зазоры между ним и кондёром, у меня на CS95 так было, помогла чистка.
Судя по твоим симптомам, скорее всего, умирает вентилятор — он же еле крутит, из-за этого кондей не охлаждает и мотор греется, у меня на Куге так было, пока родной моторчик не заменил.